부활한 쿠도 신이치와 검은 조직의 대결 소개

검은 조직에 의해 약을 먹고 몸이 축소된 고등학교 탐정 쿠도 신이치는 에도가와 코난으로 신분을 숨긴 채 검은 조직의 첩보를 수사해 왔다. 그의 정체를 알고 있는 사람은 아가사 박사(다야마 료게 분)와 동급생 하이하라 아이뿐이다. 하이하라 아이는 사실 신이치를 작게 만든 독의 개발자인 검은 조직 미야노 시호(카시이 유우 분)의 일원이다. 그러나 언니가 살해당하고 조직에서 벗어나고 싶어 스스로 독약을 마시고 초등학생인 아이의 모습으로 정체를 숨기고 비밀리에 해독제 연구를 계속해 나갔다.