국채 기초차 거래와 주가 현물차익 거래에는 크게 두 가지 차이가 있다.
첫째, 국채 기저차 거래의 선물 보유 건수는 환산 계수를 통해 조정되어야 하며, 같은 시가의 다른 채권의 공수자 수도 다르다.
둘째, 국채 선물의 실물인도, 최종 CTD 채권이 변할 수 있다는 점도 국채 기초차 거래에 더 많은 변수를 가져왔다.