scNT-Seq || 새로 생성된 RNA를 구별하는 단일 세포 시퀀싱 기술

단일 세포 RNA 시퀀싱은 전체 전사체의 발현을 제공하지만 일반적인 scRNAseq은 새로 생성된 RNA와 기존 RNA를 구별할 수 없습니다. 여기서는 동일한 세포에 있는 de novo 전사체와 기존 RNA를 대규모로 병렬 분석하는 방법인 단일 세포 de novo 전사체 시그니처 시퀀싱(scNT-Seq)을 소개합니다. 기존 RNA와 새로운 RNA를 구별하는 데 일반적으로 사용되는 4-티오우레아(4sU)와 같은 외인성 뉴클레오시드 유사체 라벨을 사용할 수 있습니다. 이는 새로 생성된 RNA에 라벨을 붙일 수 있으며 화학적 변환 방법을 통해 4sU를 시토신 유사체(C)로 변환하여 새로 전사된 라벨을 효과적으로 라벨링할 수 있습니다. T-to-C 전환의 대사 특징을 갖는 RNA.

scNT-seq는 대사성 RNA 라벨링, 액적 미세유체학 및 화학적으로 유도된 4sU의 시토신 유사체로의 전환을 결합하여 동일한 세포 내에서 새로운 및 오래된 RNA.

scNT-seq에는 주로 다음 단계가 포함됩니다.

(1) 4sU에 의한 세포의 대사 라벨링 (2 - 3) 바코드를 사용하여 단일 세포와 올리고(dT)를 동시에 캡슐화합니다. 프라이머 코팅된 비드를 나노규모 액적으로 만들고, (4) 액적에서 4sU 화학적 전환(5 - 8) 역전사, cDNA 증폭, 라벨링 및 PCR을 사용합니다. 모델은 전사체 T-to를 분석합니다. -C 새로운 성적표의 비율을 추론하기 위한 대체.

ScNT-seq는 세포 내 RNA의 동적 변화, 유전자 조절 네트워크 활동 및 세포 상태의 궤적 분석을 분석하는 데 사용할 수 있습니다. 그들은 새로운 RNA와 오래된 RNA를 정량화하는 데 있어 scNT-seq의 성능을 평가하기 위한 모델 시스템으로 일차 피질 신경 세포를 사용했습니다. 그들은 시간이 지남에 따라 유전자 활동에 반응하여 오래된 RNA에서 발현이 거의 없다는 것을 발견했습니다(c). SCENIC 분석을 사용하여 그들은 서로 다른 세포 그룹에서 서로 다른 활성화 기간에 특이적으로 발현되는 TF를 발견했습니다(d).

원문: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2019.12.19.882050v2