정부지도기금의 목적은 재정자금의 지도와 집결 역할을 충분히 발휘하고 민간투자 등 사회자본 투자를 유도하고 위험자본 공급을 늘리고 단순히 시장을 통해 위험자본을 배분하는 시장실패문제를 극복하는 것이다. 특히 위험투자기금이 종자기, 초창기 등 창업 초기 기업에 투자하도록 장려함으로써 일반 위험투자기금이 주로 성장기, 성숙기, 재건기 기업에 투자하는 부족을 메우는 것이다.