단백질 구조 예측 및 분석을위한 일반 웹 사이트 (2 부)

1. 상 동성 모델링

2. 접기 인식

3. 처음부터 계산 처음부터 계산 방법

상 동성 모델링의 기본 단계:

1. 템플릿 선택;

테스트 할 시퀀스와 템플릿 시퀀스 간의 비교;

모델 구축: ① 측정 할 단백질의 주 사슬 구축; ② 코일 영역 모델링; ③ 측쇄 설치

# SCWRL(/DescFold/

소개: descfold (설명자 기반 접기 인식 시스템) 는 아미노산 서열에 따라 단백질의 접기 유형을 예측하는 단백질 접기 인식을 위한 웹 서버입니다. 이 서버는 Psi-blast e 값과 비트 분수를 사용하는 윤곽-시퀀스-일치 기반 D 설명자, Rps-blast e 값과 비트 분수를 사용하는 시퀀스-윤곽-일치 설명자, 보조 구조 컴포넌트 일치 설명자 (SSEA) 를 기반으로 하는 6 개의 유효한 설명자를 결합합니다.

2)pgt reader

웹 사이트: 스톡 (전체 체인 라이브러리).

3)pgt reader

웹 사이트:/n prot/journal/v10/n6/full/n prot.2015.053.html

자연 계약 | 계약

단백질 모델링, 예측 및 분석을위한 Phyre2 포털

로렌스 캐리

3. 예측 방법-처음부터 계산 방법

1) 로제타

웹사이트: mons.org/software

소개: Rosetta 소프트웨어 제품군에는 단백질 구조 계산 모델링 및 분석을 위한 알고리즘이 포함되어 있습니다. 그것은 현저한 과학적 진보를 가져왔다. 전산생물학의 nces 는 처음부터 단백질 설계, 효소 설계, 리간드 도킹, 생물대분자와 대분자 복합물의 구조예측을 포함한다.

2) 쿼크

웹 사이트: 단백질 접힘 및 단백질 구조 예측을 처음부터 계산하는 컴퓨터 알고리즘으로 아미노산 시퀀스에서만 정확한 단백질 3D 모델을 구축하도록 설계되었습니다. 쿼크 모델은 작은 조각 (1-20 개 잔기장) 이 원자급 지식력장의 지도하에 복제 교환 몬테카를로 시뮬레이션을 통해 만들어졌다. -응?

4. 예측법-종합법

1) 태슬

웹사이트: pbio.dundee.ac.uk/jpred/

5) 포식자

웹 사이트: 서로 다른 윤곽 데이터 및 매개변수에서 7 개의 신경망 예측기의 조합입니다.

7) PSSpred

웹 사이트: http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/

성명: 이 글은 선인의 지혜를 통합하는 것이니, 보충 토론을 환영합니다!