기금넷 공식사이트 - 재경 문답 - 축퇴 프라이머 축퇴 프라이머 PCR의 원리

축퇴 프라이머 축퇴 프라이머 PCR의 원리

1. Degenerate Primer와 16s Primer의 차이점은 무엇인가요? 2. Degenerate Primer의 TM 값을 계산하는 방법을 알려주세요. Primer5.0을 사용하여 축퇴 프라이머를 디자인하려면 4. 축퇴 프라이머란 무엇입니까? Degenerate Primer의 설계 원리나 원리는 무엇인가요? 특정 Primer와 16s Primer의 차이점은 무엇인가요? PCR product를 보면 밴드를 알 수 있나요?

1. TGGC(x)AAT와 같은 축퇴성 프라이머에 대해 완전히 명확하지 않은 핵산에 대한 프라이머 디자인 방식 프라이머를 디자인할 때 (X) 위치에 4개의 ATCG 프라이머를 사용할 수 있습니다.

특정 프라이머: 말할 필요도 없이, 이는 서열이 명확한 후 상황에 따라 디자인할 수 있는 일반 프라이머입니다.

16s 프라이머: 식별을 위해 자주 사용되며, 일반 프라이머는 문헌 및 웹 사이트에서 찾을 수 있습니다. 16S rRNA에 해당하는 16S rDNA 유전자는 박테리아에 있습니다. 동일한 박테리아의 경우 게놈에 고도로 보존된 축퇴 프라이머가 있으며, 16S rDNA 게놈의 상동성은 70보다 커야 합니다. 16S rDNA의 경우

2. PCR로 생성된 밴드의 크기를 비교하면 150bp 정도가 일반적으로 사용되지만 축퇴되어 있습니다. 프라이머와 특정 프라이머는 특정 상황에 따라 달라집니다. 설계된 프라이머 범위의 경우 차이가 커서 분리될 수 있습니다. 축퇴 프라이머의 TM 값을 계산하는 방법을 알려주세요.

Tm(용융 온도)은 다음과 같습니다. 50개의 이중 가닥이 단일 가닥으로 풀릴 때의 온도는 올리고뉴클레오티드 농도와 염 농도에 따라 Tm 값의 크기에 영향을 미칩니다.

Tm 값을 계산하는 방법은 여러 가지가 있습니다( PN A S8 3, 3 7 4 6-5 0) 이 방법을 사용하여 계산합니다. 이전에는 15개 미만인 경우 추정하는 좋은 방법이 있습니다. T에는 2_를 곱하고, C와 G에는 4_를 곱한 후 더하면 됩니다. 이것을 월리스의 법칙이라고 합니다.

Tm= 2℃ (A T) 4℃ (G C)

긴 사슬의 GC 함량을 추정하는 또 다른 방법

Tm = 81.5 0.41(GC) - 500/L 16.6 log[M]

(L: 올리고뉴클레오티드의 길이, M: 1가 양이온의 농도)

그러나 이러한 방법은 염기 스태킹의 영향을 제거할 수 없으며 결과가 부정확하므로 결정을 위해 가장 가까운 이웃 방법이 널리 사용됩니다. 60-70 bp 또는 15 bp 이하의 올리고뉴클레오타이드의 경우 최근접 ​​방법은 여전히 ​​단점이 있습니다.

바이오니아에서 사용하는 최근접 방법은 어닐링 시 서로 다른 염기서열의 영향을 고려한 새로운 특성을 갖습니다. 예를 들어, 5'-GC-3'와 5'-CG-3' 서열은 열역학 방법을 사용하여 결정되며, 결과는 다릅니다. 스크린샷은 다음과 같습니다.

열역학적 방법에 따라 엔탈피와 엔트로피는 두 가지 염기를 통해 결정됩니다. [salt]는 1가 양이온의 농도를 나타내고, [Oligo]는 올리고뉴클레오티드 농도를 나타냅니다. R은 가스상수(1.987 cal_K-1mol-1)를 의미하며, 바이오니아에서 Tm값을 계산할 때, mM 염농도는 50, 올리고뉴클레오티드 농도는 1nM을 사용합니다.

바이오니아 각 사용자에게 Tm 값을 제공하지만 이는 추정치일 뿐이며 정확성을 보장할 수 없으므로 이 값은 사용자 참고용일 뿐입니다.

증폭된 제품이 없는 경우 어닐링 온도를 Tm 값보다 4~5_ 낮은 경우, 정확한 제품을 얻기 위해서는 annealing 온도를 높이는 등 실험 조건을 변경해야 합니다.

입문서 열기 p

remier 5.0——파일——신규——DNA 서열——GeneTank에 대한 특정 서열 복사——프라이머——검색——PCR 프라이머 축퇴 프라이머, 쌍——센스 프라이머 및 안티센스 프라이머 범위 및 PCR 제품 크기 범위 설정 ——프라이머 길이 설정(프라이머 길이)——자동——확인——검색 완료 후 확인 클릭——검색 결과에서 프라이머 쌍을 선택합니다. - 축퇴 프라이머의 매개변수를 변경하고 다시 검색합니다. - 축퇴 프라이머란 무엇입니까? 디자인의 원리나 원칙은 무엇인가요?

다른 종의 코돈 간의 관계로 인해 동일한 순서의 축퇴 프라이머 유전자의 단백질 또는 cDNA 코딩 아미노산 서열을 검색하려면 NCBI를 사용하십시오. 프라이머는 서로 다릅니다. 이는 아미노산의 모든 서로 다른 염기 가능성의 서로 다른 서열의 단일 인코딩 혼합물을 나타냄을 의미합니다. 코돈은 축퇴 프라이머는 아미노산 서열을 기반으로 코딩된 DNA 서열만을 예측할 수 있지만, 알려진 서열을 코딩하는 모든 핵산 서열을 증폭시키기 위해 축퇴 프라이머 쌍으로 설계될 수 있습니다. 축퇴성 프라이머를 사용하는 경우 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열이 바뀔 수 있으나 뉴클레오티드의 개수는 동일해야 합니다. 뉴클레오티드 서열은 동일한 아미노산 서열을 발현할 수 있으므로 아미노산 서열은 실제로 보존됩니다