슈퍼 컴퓨팅에서 신용 분석 수행

이렇게 많은 소프트웨어를 통해 이러한 도구의 환경은 모듈의 기능을 통해 자신의 계정에 로드되어 계산을 제출할 수 있습니다. 상용 NGS 어셈블리 및 비교 도구인 Sentieon 을 사용하여 전체 프로세스를 시연했습니다.

1. 슈퍼컴퓨팅 VPN 계정을 받고 Hillstone VPN 툴을 사용하여 로그인합니다.

실제 계산 요구에 따라 실행 스크립트를 작성한 다음 작업을 위해 계산 노드에 yhbatch 를 제출할 수도 있습니다. Yhbatch 에 대한 작업 제출 단계는 다음을 참조하십시오.

Sentieon 소프트웨어 기능

-이 소프트웨어는 일반 분석 도구 (gatk 4/gatk 3.7/Picard 2.9.0/BWA 0.7.15-r1/klls) 를 대체합니다 또한 다음과 같은 뛰어난 기능을 제공합니다.

-병렬 컴퓨팅 가속 10-50 배, 천하 2 호 단일 노드 테스트 분석 외현자는 30 분, 30X 전체 게놈은 8 시간이 걸린다.

높은 깊이 시퀀싱 영역에는 다운샘플링이 없습니다 (GATK 는 깊이가 500 보다 큰 영역을 다운샘플링합니다). 이는 높은 깊이 시퀀싱에 특히 중요합니다. 특히 낮은 대립 유전자 빈도의 변형입니다. 전형적인 응용은 ctDNA 시퀀싱 결과의 분석이다.

-운영 간 차이 없음: 엄격한 소프트웨어 및 알고리즘 엔지니어링 구현으로 기존 GATK 소프트웨어에서 스레드 의존성, 임의 샘플링 등으로 인한 결과의 중복이 방지됩니다.

-대규모 WGS 공동 호출: 이 소프트웨어는 중간 단계 없이 최대 65438+ 만 WGS 데이터의 일회성 공동 호출을 가능하게 하며 소프트웨어 고객이 널리 사용하고 있습니다.

-TNscope 는 꿈의 도전 1 위를 차지했고, 자체 설계된 알고리즘 제품은 호출 구조를 바꿀 수 있을 뿐만 아니라 snv 와 indel 에 더 높은 정확도를 제공합니다.

자세한 정보와 세부 사항은 Sentieon 중국어 네트워크를 참조하십시오.